سلام و وقت بخیر.
عبارت though so متصل به هم نیست. جمله در اصل به این شکل است:
Michelle went out for her morning jog earlier, she should be back by now though, so she is probably having a shower.
باید به دنبال معنی Now though در این جمله بگردید که به معنای « حالا دیگه » یا « الان دیگه » و سایر معانی مشابه است.
she should be back by now though
او می باید تا حالا دیگه برگسته باشه.